AEO实地认证中，海关的主要检查方法如下所示：
1、检查：
在开展实地认证工作时，海关人员需按照认证标准对各项制度标准进行逐一检查。这些检查并不仅是核查制度的完整性，更是通过每个制度的设置情况来检验是否有弄虚作假的行为。有制度就要有程序，有程序就有执行，有了执行就一定要有记录。如果存在不一致那也就代表该项不合格了。
2、访谈：
在海关AEO实地认证的过程中，海关访谈岗位将涉及：法人代表（或负责关务的副总）、各部门负责人、关务人员/复核员、参与过各项培训的员工、IT系统管理员、安保部门人员、工程部门人员、仓库部门人员、人事部门人员、物流部门人员等等，而内容则涵盖与之相关的全部制度信息。总而言之，海关访谈对象涉及到所有与AEO认证有关的人员。所以，企业在认证前要做好人员的培训工作。
AEO认证标准中涉及到至少三个系统，分别是财务管理系统、进出口业务系统和信息安全管理系统。这些系统的内容完整性、可操作性和安全性，在认证过程中海关也会要求进行登陆验证，其中主要有：登陆财务管理系统查验审计报告、财务报表真实性，登陆进出口业务系统查验各模块运行情况和信息记录，登陆信息安全管理系统检查信息数据记录和可恢复性。 应对演示的要求则需要相关部门的人员在实地认证过程中保持在岗状态，并且可以熟练操作相关系统以配合海关的演示要求。
4、现场巡查
海关在实地认证的过程中不是待在办公室中不动，在厂区内的检查过程中随时可能看到员工的各项工作状态，制度是否合格一看便知。