AEO认证不通过常见原因如下：
误区1：敷衍应对，侥幸心理
有些企业抱着试一试的态度，申请走过场，等申请一通过后又回到原来的样子。
目前海关轻前端清关，重后期稽查监管，AEO认证体系化的推行，实质是企业的供应链上下游的协同监管，一家企业出现重大违规，大家都会将这家企业抛弃，因为透明化监管，任何违规情况都可以直接监管到位。
误区2：不重视，关务物流部门就完成AEO认证
AEO海关认证对企业整个流转部门都是要求高度契合的，如此短板效应就显而易见了。部门与部门之间高效协同，推动企业内部审计完美实施，做好PDCA循环，保障改进工作有效推进，这样配合才能帮助企业顺路完成认证过程。
误区3：走关系，有关系一切都搞定
如果企业还停留在搞定关系的观念中，则未来会碰到的不仅仅是企业经营的风险，其法定代表人甚至可能背上刑事责任，这种观念必须马上纠正。老老实实落地标准，扎扎实实推进企业合规建设，只有这样，才有可能在未来的竞争中占据先机。
•对AEO企业的要求，包括内部控制、财务状况、守法规范、贸易安全和附加标准。海关对以上各部分进行打分制统计。
•认证基础分数为100分，达标记为0分，部分达标以及不达标分别记为-1和-2分。标准总分达95分以上，才可达到海关高级认证企业标准。
•由于AEO的适用范围还会涉及工商、商务、税务、外管、公安、检验检疫等部门，故而在对AEO进行审核判断时，海关的关注点也不拘于企业的进出口业务。
•因此，AEO认证工作需要企业内部各部门间的整体配合协调。