AEO认证审核不通过的情况如下：
财务指标不达标：
资产负债率大于95%的，不能出具有法律效力的年度审计报告的。
进出口违规被刑事立案：
涉嫌违反国境卫生检疫、进出境动植物检疫、进出口食品化妆品安全、进出口商品检验规定被刑事立案的，海关应当终止认证。
失信企业：
有走私犯罪/走私行为的、已被列入国家失信联合惩戒名单的、一年内被海关行政处罚超过一定数额（非报关企业：100万，报关企业：30万）。
走私违规：
申请认证期间，企业涉嫌走私违反海关监管规定被立案侦查或者调查的，海关应当终止认证。企业涉嫌违反海关监管规定被立案调查的，海关可以终止认证。
申请认证期间，企业被海关稽查、核查的，海关可以中止认证。中止时间超过3个月的，海关终止认证。
AEO认证相关注意事项
1.企业管理：
企业管理者或负责人对AEO认证认识不够全面，认为因其由海关认证，所以仅涉及关务部门，而在实际申请时得不到生产、财务、人力、行政等其他部门的配合。 其中，涉及文件包括但不限于：财务审计报告、来访登记记录、员工清单、组织架构图、系统使用手册，财务数据和报表，HR管理内容，企业内审制度记录，库房管理，订单追踪等文件。
2.法律法规：
企业所有人员对于国际贸易、国际运输、海关、商检、商业贿赂、合同风险等法规的理解
3.企业关务：
不仅仅是报关通关，关务部门作为连接境外客户、供应商与企业之间的纽带，会涉及供应链的计划、采购、生产乃至仓储等环节，需审查所有程序的合规性和数据的准确性，其操作的规范性对于企业至关重要。