海关依据高级认证企业通用标准和相应的单项标准，对企业提交的申请和有关资料进行审查，并赴企业进行实地认证。海关应当自收到申请及相关资料之日起90日内进行认证并作出决定。特殊情形下，海关的认证时限可以延长30日。经认证，符合高级认证企业标准的企业，海关制发高级认证企业证书；不符合高级认证企业标准的企业，海关制发未通过认证决定书。
关于认证标准的赋分规则
（一）基础标准赋分规则。赋分选项分为两种，一是“达标”、“不达标”，对应分值为“0”、“-2”；二是“达标”、“基本达标”、“不达标”，对应分值为“0”、“-1”、“-2”。
达标：企业实际情况符合该项标准。该项标准中有分项标准（用（1）、（2）、（3）等表示）的，也应当符合每个分项标准。
基本达标：企业实际情况基本符合该项标准。该项标准中有分项标准（用（1）、（2）、（3）等表示）的，也应当符合或者基本符合每个分项标准。
不达标：企业实际情况不符合该项标准。该项标准的分项标准（用（1）、（2）、（3）等表示）中如有不达标情形的，该项标准即为不达标。
不适用：相关标准不适用于该类型和经营范围企业的，海关不再对该项标准进行认证。（二）附加标准赋分规则。
设定“符合”和“不适用”选项，对应分值为“2”和“0”。附加标准分值最高为“2”，不重复记分。
企业同时符合下列三个条件并经海关认定的，通过认证：
（一）所有赋分标准项均没有不达标（-2分）情形；
（二）内部控制、贸易安全两类标准中没有单一标准项（用1、2、3表示）基本达标（-1分）超过3项的情形；
（三）认证标准总分在95分（含本数）以上。
认证标准总分=100+（所有赋分项目得分总和）。